罗曼诺夫王朝的皇室秘宝-回忆彩蛋,将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时,怪盗KID寄出“犯案预告信”准备夺取这无价的皇家艺术之宝,於是铃木会长要求 小五郎协助警方侦查,以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪,遇到服部平次,便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究 家、职业摄影师等人。看完彩蛋,大家便解读预告信线索,不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏於防备的情况下,KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动,看还是晚了一步。KID在逃离途中,却被神秘的杀手狙击,坠海失踪,生死不明。 柯南以新型滑板追踪,夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐,从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。柯南看了原稿后,认为彩蛋有两颗,而在彩 蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡,所以大家,包括对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ,找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上,摄影师寒川被杀,而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到,调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白 鸟却几次揭穿柯南的提示,使小兰对柯南的身份起了怀疑。到达东京后,大家前往城堡,阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜,与灰原哀 也一同出发至城堡,不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中,柯南意外发现通往地下室的通道,在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第 二个蛋,并明白了回忆之卵的真正含义。但专门狙击人右眼的神秘杀手“史考兵”也在人群之中。他再次行动,目标是小五郎和小兰,刺杀失败后凶手抢走了彩蛋, 并想烧毁城堡。柯南追赶凶手,在熊熊大火中,凶手露出了她的真面目。柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问,正当柯南要 说出真相时,新一出现了。